Niektóre choroby układu pokarmowego dotykają już najmłodszych. Bardzo często u dzieci diagnozuje się celiakię, która jest poważną chorobę immunologiczną, wywoływaną przez gluten obecny w ziarnach zbóż. Zdarza się, że dzieci chorują na kamicę dróg żółciowych, przewlekłe zapalenia i polekowe uszkodzenia wątroby. Poważne zagrożenie dla życia stanowi zapalenie wyrostka robaczkowego, które u dzieci potrafi mieć szczególnie ostry przebieg.
W związku z tym, że do poradni gastrologicznej dla dzieci często trafia się z podejrzeniem celiakii niezbędne jest wykonie badań w kierunku określenia charakterystycznych przeciwciał: przeciw tkankowej transglutaminazie (tTG) - enzymowi odpowiadającymi za tworzenie wiązań pomiędzy łańcuchami białek, antyendomyzjalne (EmA) - czyli takie które wiążą się z tkanką łączną otaczającą włókna mięśniowe, w tym wypadku mięśniówkę jelita, przeciw gliandynie (AGA) - czyli składnikowi glutenu powodującemu objawy celiakii.
To, co powinno zaniepokoić rodziców to bóle brzucha, wzdęcia, pieczenie w przełyku i gardle lub, gdy niemowlę wykazuje typowe objawy kolki jelitowej: stało się płaczliwe, drażliwe, nerwowe, przykłada rączki do brzuszka, pręży się i wygina. Dzieci, które często wymiotują, mają anemię, tracą na wadze, a mimo to gwałtownie zwiększa się obwód ich brzucha także powinny być skonsultowane z gastrologiem dziecięcym prywatnie lub na NFZ.